战斗采用回合制，按照我方进攻→敌方进攻→我方进攻→敌方进攻的顺序交替进行。
每一场战斗，均设置有“胜利目标”以及“失败条件”。
通常，主角或所选学级的级长阵亡，战斗即失败。不过有些战斗也有其他的战败条件。
胜利目标则通常是消灭所有敌人，或者打败某些或某个敌方将领，也有让我方某个角色抵达地图上的一点这样的特殊胜利目标。
行动阶段的交换：我军全员行动结束后，玩家行动阶段结束，由敌军行动的地方行动阶段开始，如果在系统菜单选择“结束”，也会转为敌方行动阶段。
战斗 ：将光标移至单位，以A键选择，选择在攻击范围内（红色格子）的敌人，按下A确定后，单位会攻击。
以弓箭战斗：武器种类中的“弓”是长射程武器，攻击的对象越远，命中越低。此外，对飞马骑士或飞龙骑士等飞行单位有“克制效果”。
克制：如果使用有“克制”效果的武器或魔法攻击克制的移动类型单位，会给予武器威力3倍的伤害。
有效：如果使用有“有效”效果的战技攻击有效的移动类型单位，会给予武器威力2倍的伤害。
骑马与飞行：移动类型为“骑马”、“飞行”的单位拥有兵种特技“再移动”。“再移动”是只要行动后还有移动力，就能在剩余移动力的范围内再次移动的特技。此外，尚未行动的“骑马”、“飞行”单位，随时可以执行“下来”的指令。“下来”后，会根据兵种变为“步行”、“重装”等移动类型，用“骑乘”即可恢复原状。
危险范围：将光标移至敌人，会显示为该敌人攻击范围的“危险范围”。按下A键能够持续显示所选择的敌人的“危险范围”。ZR键能将所有敌方单位的“危险范围”整合显示。再按一次即可取消显示。
战技 ：各单位能够发动必杀技——“战技”，如果发动战技，武器的耐久会消耗更多，此外，强大威力的代价是无法追击。提升“剑术”或“枪术”等技能等级，就能学习与该技能相对应的新“战技”。“理学”和“信仰”会学到“魔法”，而不是“战技”。
战斗预测：在对敌人发起攻击前，会显示战斗预测。如果发动攻击的单位，攻速高于对方4以上，会发生“追击”，能够攻击两次，因为显示的威力也会变为“×2”。
异常状态：有的武器或战技能够赋予对手“能力低下”或“中毒”等异常状态效果。异常状态有经过1回合即恢复的，或效果将持续数回合等各种不同的类型。虽然随着回合经过也会回复异常状态，但也可以使用白魔法“休息”，或道具“解毒剂”来恢复。
骑士团 ：需要满足「指挥 」技能等级和「兵种」的条件，像武器一样装备在固定的角色身上，
计策：装备骑士团后，可以使用骑士团的计策，对敌人造成伤害、限制敌方移动、禁用敌方骑士团。
回复 ：HP可使用魔法或道具回复。魔法从单位指令中的“回复”使用，伤药等道具从“持有物品”中使用。如果位于“回复地板”或“堡垒”等，拥有回复HP效果的地形，则回合开始时会回复HP。
单位的阵亡：HP归0后无法战斗，无法战斗的单位再也不能出战。（在轻松模式下会复活。）
如果主角的HP归0，游戏将会结束。（轻松模式中仅在符合战败条件时才会结束。）
交换持有物品：与我军邻接并选择“交换物品”，能够交换持有物品。与主角邻接，选择“运输队”指令，能够和运输队交换持有物品。*主角可以随时和运输队交换。
支援 ：特定的单位之间存在“支援”关系，支援有其等级，等级越高在战斗中越能得到好的效果，支援等级会根据支援值提升。支援值会因为战斗、活动或在修道院的行动等，根据各种不同的条件逐渐提升。支援值达到一定程度会发生支援对话，并提升职员等级。
连携攻击 ：在进行攻击时，如果在可攻击的敌方单位范围内，有2个我方的单位，则会触发 「连携攻击」，可根据与友军单位角色的支援等级，增加命中率和回避率，与特定的单位进行连携攻击时威力也会提升。
对话：如果在战斗中让特定的单位邻接，有时会出现对话指令，对话过的单位之间会提升支援值。*选择单位时会显示对话框。
委任：若选择系统菜单中的“委任”，战斗会自动进行。在下一回合之前无法操作单位。按下ZL键能够中途解除。
地形效果 ：一部分地形会影响单位的能力，例如位于“森林”的单位会提升回避和防守。可以将单位移动到有利地形与敌人作战。
特殊地形：除了“森林”之外，还有“深邃森林”、“回复地板”等各种不同的地形，如果将光标移动到格子上，可以确认该格地形效果和信息。
在没有单位的格子上按下X键，可以设定地形信息和单位图示ON/OFF。
增援：有时敌人的增援会从堡垒或楼梯等地形出现。
「天刻之脉动 」：一场战斗有一定概率触发[天刻之脉动]（ZL键），可以返回到任何一次操作之前，但有使用次数限制，每次战斗结束后会回复使用次数。
掉落道具：如果打倒单位右侧显示道具图示的敌人，就会掉落在详细信息中以绿色显示的道具。
武器的耐久：武器使用至耐久归0时便会损坏，如果用“损毁的武器”战斗会降低威力和命中，也更容易遭到敌方追击。（战斗中无法修理武器）
「纹章之力 」：寄宿有纹章的单位会根据纹章的种类，于战斗中发挥各式各样的能力。在单位的详细信息中，将光标移至纹章即可确认效果。
道具的作用：选择系统菜单中的“持有物品”，能够使用持有的道具。可以使用伤药回复HP或更换装备的武器。
系统菜单：将光标移至行动完毕的单位或没有单位的格子，按下A键会显示系统菜单，能够中断并保存或确认“指南”等。
副官会随着讲师等级的提升而解锁更多的名额，使用 Y 按钮选择要提前准备的单位，将副官附加到要附加副官的角色上。
根据副官类型的不同，可以使用三中类型的支援，支援等级越高，效果越好。