作为一个地下抵抗组织，XCOM只能使用常规武器（至少在初期如此），这些武器多数可能是从地球上已不复存在的军队装备中回收得来的。

• 突击步枪是最初的XCOM新兵所使用的武器，也可以给游侠、专家和灵能特工使用。
• 游侠默认装备霰弹枪，这种武器在近距离格斗中相当致命。
• 神枪手则装备有杀伤力强大的手动上膛式狙击步枪，并配备手枪作为备用武器；
• 榴弹兵使用手持式加农炮作为主武器，并配备有榴弹发射器来向敌人发射碎片榴弹。
• SPARK的主武器是自动加农炮。

“复仇者号”既是XCOM的基地，也是武器研发中心，反抗军的科学家们先是研发出了电磁/高斯武器，随后又为XCOM的士兵提供了更为先进的等离子/电浆武器。

XCOM的武器可分为主武器和副武器.。两种武器的主要区别在于主武器可以使用配件来进行强化( 模块武器和武器升级) ，但是它有弹药上限，需要在战斗中需要添加弹药。副武器不能进行改造，但是不用重新填充弹药。可以根据士兵的种类来选择将何种武器作为主武器或副武器。

士兵可以装备重型武器。重型武器既不是主武器也不是副武器，并且只能与重甲配合使用。重武器是一个具有毁灭性AOE伤害的武器，并且有着非常低的弹药上限，所以你必须谨慎使用，避免不必要的浪费。

注意

• 实验弹药 (例如火龙子弹，利爪子弹等) 只对主武器和手枪类的副武器生效。
• 个人战斗芯片：感知 (及其升级版本) 对主武器、副武器（包括近战武器）同时生效。
• 个人战斗芯片：集中(及其升级版本)影响灵能增幅器所造成的伤害

主武器自带一个插槽可以使用武器升级部件，在武器达到第二级别时可以获得一个额外的扩展槽位。第三个槽位需要洲际奖励“武装到牙齿”。

通过建造E.X.O.护甲来解锁试验场里的重武器相关项目；
通过建造W.A.R.护甲来解锁更高等级的重武器试验场项目。