每个地区建立联系后，当地的抵抗军成员会集结在避难所（haven）中，抵抗军成员能够执行4种不同类型的任务：

• 情报 ：获取少量情报，能够发现变种人的活动（变种人的活动会一直进行，发现后成为任务，未发现的仍然存在并可能引发黑暗事件）
• 补给 ：增加本月补给，在月底结算。
• 招募 ：试图招募新的反抗军、科学家、工程师，招募到的抵抗军成员会加入该地区的避难所，士兵出现在复仇者号的招募界面中。
  • 地区抵抗军成员数量上限为13个
  • 抵抗军数量未达上限时，招募到的反抗军中，成为士兵的几率是33%，达到上限之后约为80%。对于已经解放的地区，有3%几率招募到工程师或是科学家。
• 隐藏 ：不进行任何工作，也不会有任何产出，但是会躲过变种人的袭击。对于未解放区域，不会增加该地区的变种人军力值

• 被解放的地区提升20%
• 安装中继站提升20%
• 科学家/工程师作为顾问可以提升20%的情报和补给收益，士兵最多提升20%的招募效率（与军衔相关）

这一数值衡量了变种人在该地区部署的兵力多寡，你活跃的抵抗军成员越多（执行任务），变种人的军力值就越高。

• 通过将抵抗军的任务改为“隐藏”能够减少变种人军力。
• 变种人军力值直接影响该地区任务中登场的兵力数量基准，变种人军力值高的地区，任务难度就更高。
• 游击任务 中的“突袭补给车队”能够阻止该地区变种人军力上升。

玩家可以为地区指派一位XCOM成员作为顾问，以加速该地区的行动，对于情报和补给工作，至多提升20%。

• 士兵 ：士兵能够加速本地区的招募工作，并且能够发现打入抵抗组织内部的无面者
  • 士兵类型的顾问会自动参加该地区的锄奸任务、报复任务和入侵任务，因此不适合使用新兵或是装备较差的队员，否则会增加相关任务难度；
• 科学家 ：加速情报工作。
• 工程师 ：加速补给工作。

避难所新招募的抵抗军有一定几率是由无面者伪装的间谍，一旦混入抵抗军，每个内奸会降低该地区20%的补给收入，在每月结算界面以“未知缘由”红字显示。只有士兵类的顾问才能发现内奸，锄奸任务是清除渗透者的唯一途径。

地区解放必须先触发该地区的雷达站任务，完成雷达站任务后会解锁攻占变种人地区总部的任务，攻克总部后地区解放，大大降低变种人在该地区的军力。

• 解放后有几率触发变种人入侵任务，一旦失败地区将失去解放状态。